Da es sich um ein Online-Spiel handelt, gibt es Besonderheiten beim Speichern beziehungsweise beim Beenden des Spiels zu beachten. Um "Die Siedler Online" zu beenden, reicht es aus den Browser zu schließen. Wer auf Nummer Sicher gehen möchte, kann sich auf der Homepage auch manuell ausloggen (oben rechts).

Zusätzlich gibt es im Spiel einen Logout-Button. Somit hat man die Möglichkeit, das Spiel auf mehrere Arten zu beenden. Das Speichern des Spiels ist nicht notwendig, da das Spiel auf einem Server weiter läuft.

Wenn eure Lager groß genug sind, arbeiten eure Siedler auch weiter, wenn ihr mal einige Stunden keine Zeit für sie habt. Natürlich müsst ihr dafür sorgen, dass genügend Rohstoffe für die Verarbeitung und Produktion vorhanden sind. Des Weiteren müsst ihr euch alle 24 Stunden einloggen, sonst wird der Abbau gestoppt. Allerdings besteht hier die Möglichkeit, bei längerer Abwesenheit vom Spiel, dass ihr einen Freund bittet eure Insel alle 24 Stunden zu besuchen und dann ein Gebäude fördern ("siehe Förderungen") zu lassen. Mit dem "Buffen (siehe Förderungen)" läuft eure Heimatinsel weiter und die 24 Stunden werden neu gerechnet.